Il percorso della Maddalene Sky Marathon parte da Senale in provincia di Bolzano (1.350 m) ed arriva nell’abitato di Rumo (1.000 m) in provincia di Trento. Il tracciato segue prevalentemente il sentiero di quota CAI-SAT n. 133 “Aldo Bonacossa”, molto conosciuto in Val di Non e frequentato da escursionisti. Il sentiero si snoda ad una quota media di 2.000 m, spesso oltre la vegetazione offrendo ampi scenari panoramici per i corridori del cielo.
Il punto più alto verrà toccato alla cima del Monte Pin (2.420 m) nella parte finale della gara. La discesa tecnica dal monte Pin porterà gli atleti nell’abitato di Rumo, dove in clima di festa si svolgeranno le premiazioni. Tra la zona partenza e l’arrivo un servizio navetta garantisce un trasporto ottimale per gli atleti ed i tifosi. Lungo tutto l'itinerario si incontreranno rifugi, bivacchi e malghe.
Numerosi i volontari delle diverse organizzazioni locali trentine e sudtirolesi distribuiti lungo il percorso per garantire la sicurezza e l’assistenza durante la gara.